无鞭毛体是主要致病阶段，致病过程分急性期和慢性期。
1、急性期：锥虫侵入部位的皮下结缔组织出现炎症反应，叮咬局部出现结节，称为恰加斯肿。如侵人部位在眼结膜则出现一侧性眼眶周围水肿、结膜炎及耳前淋巴结炎。此为急性恰加斯病的典型特征。锥虫侵入组织后的主要临床表现为头痛、倦怠和发热、广泛的淋巴结肿大以及肝脾肿大，还可出现呕吐、腹泻或脑膜炎症状，心脏症状为心动过缓、心肌炎等。此期持续4-5周，大多数患者自急性期恢复后进入隐匿期，有些患者则转为慢性期。
2、慢性期：常出现在感染10-20年后，主要病变为心肌炎，食管与结肠出现肥大和扩张，继之形成巨食管和巨结肠。在慢性期，血中及组织内很难找到锥虫。心脏病变是慢性期最常见的后遗症和致死原因。
参考资料：[1]诸欣平，苏川.人体寄生虫学.第8版[M].北京.人民卫生出版社.2013.